1、细心检查菌枝和菌棒。杂菌喜欢生长在腐生环境中，所以制作培育菌棒时，应该选择未腐朽、无霉菌的新鲜木材，同时要尽可能的缩短培养时间，一旦发现菌棒上出现杂菌，要立即清除，并置于阳光下暴晒1-2天，如果杂菌较多的情况要及时废弃。
2、麻种消毒。在接种前要细心检查麻种，如果发现有霉菌感染细心，首先是刮除日晒，或用75%酒精、多菌灵等局部消毒后使用，如果发现有损伤或者霉烂的麻种一旦要及时废弃。
3、加强管理。在填充时一定要填实，切不可留有空隙，同时要加强温度、湿度以及空气的管理，控制好穴内的湿度，保持环境干燥，这样尽可能的减少杂菌产生。
4、天麻穴不宜过大、过深。利用菌棒数量较少的菌麻栽培、是防止杂菌感染的一种最好的栽培方法。
5、加大蜜环菌的用量。菌枝或菌种放得多，菌生长长得快，就能抑制其他杂菌生长，也是一种不错的防治方法。